spheniscus

A package that provides functions to clean the TDR data and to obtain diving parameters from the sampled individuals. | Un paquete para limpiar datos de TDR y calcular parametros de buceo durante los viajes de alimentación.

Miriam Lerma
2021-05-15

Intro

El objetivo de este paquete es:

English

Instalación

El paquete estará disponible solo por GitHub

install.packages("devtools")
devtools::install_github("MiriamLL/spheniscus")

library(spheniscus)

Datos

TDR_raw 📥

Agrega los datos crudos como objeto.

TDR_raw<-TDR_raw

Las columnas no están separadas ya que primero hay que cortar partes del archivo.

TDR_dives 🤿

Incluye todos los buceos durante el viaje. 

TDR_dives<-TDR_dives

Funciones

extract_rawdata 🧹

Extrae la información de profundidad de los datos crudos de los dispositivos.
En los dispositivos TDR (Cefas G5+) la presión se empieza a medir después de ‘Data Block 1’ y termina de medir presión cuando empieza ‘Data Block 2’. Estos nombres fueron usados como separadores en row_start y row_end. Si tu dispositivo usa otros separadores como por ejemplo ‘Data Block 0’ hay que ajustar acorde.

TDR_pressure<-extract_pressure(data=TDR_raw, 
                          row_start='Data Block 1', 
                          row_end = 'Data Block 2')

extract_trip ✂️

Corta periodos de tiempo de acuerdo a nuestro interés.
La información se obtuvo de dispositivos GPS, trip_start es cuando salieron de la colonia y trip_end cuando regresaron.
Los datos fueron recortados para incluir sólo información durante el viaje de alimentación.

TDR_trip<-extract_trip(data=TDR_pressure,
                   timeformat="%d-%m-%Y %H:%M:%S",
                   trip_start="30-11-2018 20:43:24",
                   trip_end="01-12-2018 20:16:19")

plot_depth 🎨

Crea un grafico con el perfil de buceos. Marca el cero con una linea roja.
El objetivo de este gráfico es que te permita decidir si debes corregir el cero.

plot_depth(TDR_trip = TDR_trip,
                   depth_column='Pressure',
                   time_column='daytime')

correct_zero 📐

Esta función te permite corregir el cero usando un factor de corrección.
En el ejemplo, corregí el cero usando -0.80 m. Este valor fue ajustado de manera manual.

TDR_corrected<-correct_zero(TDR_trip = TDR_trip,
             depth_column='Pressure',
             extra_correction=-0.80)

Puedes volver a crear el gráfico para confirmar que se corrigió el cero.

plot_depth(TDR_trip = TDR_corrected,
            depth_column='corrected_depth',
            time_column='daytime')

identify_dives 🐟

Esta función identifica cada buceo como unidades individuales, y les asigna a cada inmersión un numero, una profundidad media de buceo, una profundidad máxima de buceo, una duración media de buceo y una duración máxima de buceo.
En el ejemplo, los buceos reales fueron considerados cuando el animal se encontraba más profundo de 3 metros.

TDR_dives<-identify_dives(TDR_corrected=TDR_corrected,
               real_dives=3,
               depth_column='corrected_depth')

dive_parameters 🐧

Esta función calcula los parámetros del viaje completo.
Incluye:
- promedio de la profundidad máxima de buceo,
- desviación estándar de la profundidad máxima de buceo,
- el máximo de profundidad, la duración promedio de los buceos,
- la desviación estándar de la duración de los buceos, y
- la duración máxima de buceo, así como
- el total de buceos durante el viaje.
Nota La profundidad de buceo se da en metros, la duración en segundos.

dive_parameters<-calculate_diveparams(TDR_dives)
max_depth_mean max_depth_sd max_depth_max dive_duration_mean dive_duration_sd dive_duration_max n_dives
11.7163 4.836995 39.21 18.86549 7.438373 41 565

Citar

DOI